18 мая 2018 года президент РФ Владимир Путин своим указом назначил Сергея Чеботарева министром РФ по делам Северного Кавказа.
Сергей Викторович Чеботарев до назначения в правительство работал в Администрации президента РФ. С 2006 года был начальником департамента в Управлении президента РФ по межрегиональным и культурным связям с зарубежными странами. В июне 2012 года занял пост заместителя начальника этого управления Владимира Чернова. В Администрации главы государства Сергей Чеботарев курировал отношения России с Арменией, Грузией, Азербайджаном, Абхазией и Южной Осетией.
В марте 2014 года он был включен в состав Межведомственной комиссии по подготовке и проведению международных межрегиональных экономических форумов.
Отмечен благодарностью президента РФ «за заслуги в развитии международного сотрудничества и укреплении дружбы между народами» (2010).